Pekalongan adalah sebuah kabupaten di Provinsi Jawa Tengah. Ibukotanya adalah Kajen. Kabupaten ini berbatasan dengan Laut Jawa dan Kota Pekalongan di utara, Kabupaten Batang di timur, Kabupaten Banjarnegara di selatan, serta Kabupaten Pemalang di barat.
Bagian utara Kabupaten Pekalongan merupakan dataran rendah; sedang di bagian selatan berupa pegunungan, bagian dari rangkaian Dataran Tinggi Dieng. Sungai-sungai besar yang mengalir di antaranya adalah Kali Sragi dan Kali Sengkarang beserta anak-anak sungainya, yang kesemuanya bermuara ke Laut Jawa. Kajen, ibukota Kabupaten Pekalongan, berada di bagian tengah-tengah wilayah kabupaten, sekitar 25 km sebelah selatan Kota Pekalongan.
